每次使用小型面粉机工作完毕，操作人员应对整机进行认真细致地清洗，尤其是锥筛和平筛的筛网必须清理干净，以免因筛孔堵塞而降低筛分效率，影响产品品质。当小型面粉机在使用一段时间之后，在一些角落常常会积攒一些麦粒和一些面粉等，如果长时间清理不当，就会与灰尘混杂在一起，不能再食用，要是散落到潮湿的地方，特别容易引起小麦发霉，产生异味。在一些很狭窄的地方也是特别容易散落灰尘的，极其难打扫。

    在一些很狭窄的地方建议用户先用小刷子一点点清理出来，禁止用手打扫，以免受伤。要是小刷子也不能清理，那么就只能拆卸设备了，在当下市场上所出售的小型面粉机及面粉机设备，由于生产性，都会有遗漏麦粒的现象，是正常的，只要用户把后期的清理工作做到位便可。